Co-Localization（コローカリゼーション）コマンドのオプション

·        "Operations with original color or gray images"（カラーまたはグレイの元画像に適用する処理）: "Co-Localization" コマンドは、対になった2枚のグレイスケール画像、または1枚のカラー画像に含まれる 3枚のプレーンのうちの2枚(RとG、RとB、GとBのいずれか)を操作対象とします。グレイスケール画像内に作成された AOI は無視されますが、カラー画像内に AOI が作成されている場合は、処理対象がその AOI の範囲に限定されます。画像内に AOI がない場合、画像全体が処理対象となります。

·        "Active Image"（アクティブ画像）: この欄には、現在画面上でアクティブになっている画像が表示されます。この画像が、コローカリゼーションを算出する際のベースライン(X軸)になります。

－元の画像が1枚のカラー画像の時は、この欄にその画像の名前が表示されていることを常に確認してから、以下のオプションで処理を行なって下さい。

－元の画像が2枚のグレイスケール画像の時は、この欄に表示された画像が1枚目の画像、"2nd image"(第2画像)に表示された画像が2枚目の画像となります。例えば、Rプレーンを表す"Red.tif"というグレイスケール画像と、Gプレーンを表す"Green.tif"というグレイスケール画像のコローカリゼーションを調べるときは、"Active Image"欄で"Red.tif"を指定し、"2nd image"欄で"Green.tif"を指定してから、"Color pair"（色のペア）欄で"Red － Green"を指定します。

·        "2nd image"（第2画像）: グレイスケール画像を"Co-Localization"コマンドの処理対象とする場合に、2枚目のグレイスケール画像をこの欄に表示します。現在画面上でアクティブになっている画像がカラー画像の場合、この欄はグレイ表示(使用不可)になります。

処理対象の画像がグレイスケールの場合、この欄の下の4つのオプションの設定と"Color pair"(色のペア)欄で選択された色の対に従って2枚のグレイスケール画像がマージされ、"Plot image"（プロット画像）欄で指定されたコローカリゼーションプロットと共に画面に表示されます。

·        "Create gray co-localization with frequencies"[グレイのコローカリゼーションプロットを作成（輝度＝頻度）]: このオプションを選択してから"Forward"（実行）ボタンをクリックすると、現在選択中の元画像（2枚のグレイスケール画像、または1枚のカラー画像に含まれる3枚のプレーンのうちの2枚)でのコローカライズ領域を示す画像（コローカリゼーションプロット）を、16ビットグレイスケール形式の新規画像として作成します。この画像内のピクセルの輝度は、元画像内のピクセルの頻度を表します。

·        "Create color co-localization"（カラーのコローカリゼーションプロットを作成）: このオプションを選択してから"Forward"（実行）ボタンをクリックすると、現在選択中の元画像（2枚のグレイスケール画像、または1枚のカラー画像に含まれる3枚のプレーンのうちの2枚)でのコローカライズ領域を示す画像（コローカリゼーションプロット）を、カラーの新規画像として作成します。

·        "Create 3D view of color co-localization"（カラーのコローカリゼーションプロットをサーフェイスプロットで表示）: このオプションを選択してから"Forward"（実行）ボタンをクリックすると、現在アクティブになっている画像の指定領域からグレイスケール形式のコローカリゼーションプロットとカラーのプロットの両方を作成し、同時にサーフェイスプロット機能 【"Measure"（測定）メニューの"Surface Plot"(サーフェイスプロット)コマンド の項を使用して、カラーのコローカリゼーションの3D表示画像を作成します。

·        "Calculate correlation between images"（画像間の相関を計算する）: このオプションを選択してから"Forward"(実行)ボタンをクリックすると、画像内（または画像内のAOIの範囲内）のコローカリゼーションの量を、ピアソン相関係数として算出し、結果をアウトプットウィンドウに表示します 【アウトプットウィンドウについては、"Macro"（マクロ）メニューの"Output Window"（アウトプットウィンドウ）コマンド の項をご参照下さい】。

·        "Color Pair"（色のペア）: コローカリゼーションプロットを定義する色の組み合わせを指定します。

·      "Forward"（実行）: プロットの作成、ないし相関関数の計算を実行します。

注記： カラーの元画像 (または元画像がグレイスケールの時はカラー合成画像）の中をマウスでドラッグすると、カーソルの位置に対応する色が、コローカリゼーションプロット内でクロスヘア表示されます。

·       "Operations on co-localization plot" (コローカリゼーションプロットに適用する処理): この欄の設定は、コローカリゼーションプロットの表示方法を指定します。

·       "Use an AOI on co-localization plot to select area for analysis" (AOIを使用して分析する領域を指定して下さい): "Forward"(実行)ボタンをクリックしてコローカリゼーションプロットを作成したら、画像内にAOIを作成します。

AOIの内部にカーソルを置いてマウスボタンを押し続けると、AOIの領域に対応する部分がカラーの元画像の中に(元画像がグレイスケールの場合は、カラー合成画像の中に)表示され、他の部分が黒くマスクされます。

マスクされた状態のカラー画像には、"Color pair"(色のペア)欄で指定された2色のほかに、別の1色が表示されます。"Color pair"で指定された2色が表示されている部分は、コローカライズしていない領域です。これに対し、3番目の色("Color pair"で指定された2色の合成色)が表示されている箇所が、コローカライズ領域になります。

例えば、"Color pair"欄で"Red - Green"を選択した場合、マスクされた状態の画像で赤および緑に表示されている部分がコローカライズしていない領域、黄色(赤と緑の合成色)で表示された部分がコローカライズ領域になります。

·       "Create mask of co-localizing objects"(コローカライズ領域のマスクを作成): このオプションを選択してから"Analyze"(分析)ボタンをクリックすると、コローカリゼーションプロット内のAOIで指定されたコローカライズ領域のみを白抜きにし、他の部分を全て黒でマスクしたマスク画像を作成します。

·       "Calculate co-localization coefficients"(コローカリゼーション係数を計算する): コローカリゼーションプロットを作成した後、プロット内にAOIを作成した状態でこのオプションを選択し、"Analyze"(分析)ボタンをクリックすると、コローカリゼーションプロット内のAOIの範囲について、コローカリゼーションの量をピアソン係数として算出し、アウトプットウィンドウに表示します[アウトプットウィンドウについては、"Macro"(マクロ)メニューの"Output Window"(アウトプットウィンドウ)コマンド の項をご参照下さい]。

·       M1、M2： "Active Image"（アクティブ画像）欄のグレイスケール画像と"2nd image"（第2画像）のグレイスケール画像（またはカラー画像内の2枚のプレーン)についてそれぞれ算出されたコローカリゼーション係数です。AOIによる範囲指定（マスク）を必要とします（範囲指定を行なわない場合、M1とM2は両方とも1.0になります）。

この他のデータの算出については、マクロ関数 IpCoLocGetForward の説明（オンラインヘルプ）をご覧下さい。

·      "Analyze"(分析): このボタンをクリックすると、"Operations on co-localization plot" (コローカリゼーションプロットに適用する処理)欄の設定に基づいて処理を実行します。

参考文献

コローカリゼーションについて詳しくは、次の文献をご参照下さい。

Manders E. M. M., Verbeek F. J. and Aten J. A.: "Measurement of co-localization of objects in dual-colour confocal images", 1993, Journal of Microscopy 169, 375-382